Producătorii fac iaurt grecesc prin fermentarea laptelui cu culturile bacteriene starter Streptococcus thermophilus și Lactobacillus bulgaricus. Odată ce iaurtul este gata, următoarea etapă necesită ca lichidul din zer să fie separat de iaurt. Există mai multe moduri de a face acest lucru, dar metoda tipică utilizată de majoritatea producătorilor este separarea centrifugală. Pentru a face acest lucru, producătorii rulează iaurtul printr-o centrifugă până când laptele se concentrează. În acest stadiu, resturile (lichide) de zer sunt eliminate.
Procesul de separare a lichidului din zer elimină si lactoza (zahăr din lapte). Această separare face iaurtul grecesc mai mic în carbohidrați / zahăr si mai bogat in proteine decât iaurtul standard.